黒色の色素であるメラニンを産生するメラノサイトという細胞が真皮で増えることで発症します。太田母斑は生まれてすぐにできる「早発型」と思春期以降にできる「遅発型」に分類されます。従来の遅発型はADM（後天性真皮メラノサイトーシス）という独立疾患を考えられるようになりました。悪性となることはありませんが、自然に消えることはありません。